Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زنجان

Thesis #7751

[error in script] (1396) بررسی بیان دو رونوشت غیر کد کننده طویل دخیل در پرتوانی،LincRNA-ROR و SOX2OT، در نمونه های توموری و غیر توموری بیماران مبتلا به آدنوکارسینومای معده. پایان نامه مقطع Masters.

[img] Text
پوراندخت فرهنگیان.pdf - Published Version

Download (1MB)
[img] Text
پوراندخت فرهنگیان فایل کامل.pdf - Published Version
Restricted to Repository staff only

Download (3MB) | Request a copy

Persian Abstract

مقدمه: سرطان معده سومین عامل مرگ و میر ناشی از سرطان می¬باشد و به دلیل فقدان بیومارکرهای مناسب، اکثرا در مراحل پیشرفته بیماری تشخیص داده می¬شود. ناهنجاری در مسیرهای خود بازسازی و پرتوانی می¬تواند باعث ایجاد و پیشرفت تومور شود. بر همین اساس جمعیت کوچکی از سلول¬های توموری که سلولهای بنیادی سرطان نامیده می شوند، علت عود مجدد سرطان، متاستاز و مقاومت دارویی سلول¬های توموری محسوب می¬شوند. در سالهای اخیر نقش رونوشت های غیر کد کننده طویل در حفظ حالت پرتوانی سلولهای بنیادی و همچنین به عنوان بیومارکر برای تشخیص زود هنگام سرطانها بسیار مورد توجه قرار گرفته است. با توجه به نقش lincRNA-ROR و lncRNA-SOX2OT در مراحل بازبرنامه نویسی و پرتوانی در این پروژه بیان این ژنها در نمونه های توموری و غیر توموری سرطان معده بررسی گردید. روش انجام مطالعه: در این مطالعه مورد-شاهدی تعداد 33 جفت نمونه توموری و غیر توموری بافت معده تهیه شد. RNA تام از نمونه ها استخراج شد و پس از تیمار با آنزیم DNase سنتز cDNA صورت گرفت. پس از بررسی 5 ژن داخلی (اندوژنوس) مختلف شامل GAPDH، B2M، -Actinβ، TBP و HPRT، ژنهای B2M و GAPDH به عنوان ژنهای کنترل داخلی مناسب انتخاب شدند. واکنش Real Time PCR بروی نمونه های معده برای بررسی میزان بیان ژنهای LincRNA-ROR و LncRNA-SOX2OT انجام شد و در نهایت داده ها با استفاده از نرم افزارهای 5 GenEx و SPSS 17 آنالیز شدند. نتایج: در این مطالعه بیان ژن lincRNA-ROR در نمونه های توموری و غیر توموری معده مشاهده نشد. در مقایسه بیان ژن lncRNA-SOX2OT در جفت نمونه های توموری نسبت به نمونه غیر توموری همان فرد با استفاده از آزمون غیر پارامتریک Wilcoxon کاهش تقریباً معنی داری (P=0.06) در نمونه های توموری مشاهده شد. اگرچه در مقایسه میزان بیان ژن lncRNA-SOX2OT در بین نمونه های توموری در گریدهای مختلف تفاوت معنی داری بدست نیامد. بحث: علی رغم گزارشهایی که نشان دهنده افزایش lincRNA-ROR در برخی از سرطانها می باشد در مطالعه ما بیانی از این ژن در هیچکدام از بافتهای توموری و غیر توموری دیده نشد. به نظر می-رسد ژن lincRNA-ROR در نمونه های توموری معده بیان نمی شود. همچنین با توجه به کاهش بیان ژن lncRNA-SOX2OT در نمونه¬های توموری معده نسبت به نمونه های غیر توموری به نظر می¬¬رسد نقش ژن lncRNA-SOX2OTاز نوع سرکوبگر تومور باشد. پیشنهاد می شود که بررسی این ژن ها در سلولهای بنیادی جدا سازی شده از معده و با تعداد بیشتری نمونه صورت گیرد تا تصویر جامع تری از نقش ژنهای کاندید در سرطان معده به دست آید.

Title

Evaluating the expression of two long non coding RNAs involved in pluripotency, LincRNA-ROR and SOX2OT, in tumoral and non tumoral samplesof patiants with gastric adenocarcinoma

Abstract

Background: Gastric cancer (GC) is the third leading cause of cancer-related death in the world and due to lack of appropriate biomarker, mostly is diagnosed at advanced stages. Deregulation of signaling pathways related to pluripotency and self-renewal appears to result in tumor growth and progression. Small population of tumor cells, cancer stem cells (CSCs), regarded for tumor recurrence, metastasis and drug resistance. Recently long noncoding RNAs (LncRNAs) have been highly considered in maintenance of embryonic stem cells (ESCs) and also as promising biomarkers for early diagnosis and prognosis of cancers. LincRNA-ROR and also LncRNA-SOX2OT are two main LncRNAs involved in self-renewal and pluripotency processes. In this study we evaluated the expression of these LncRNAs in gastric tumor samples in comparison to non- tumor samples. Method: In this case-control study, matched pair tumor and non-¬¬tumor gastric samples (n=33 pairs) were collected from Tumor bank (TUMS). Total RNA was extracted. Following DNase treatment and cDNA synthesis, real time PCR was performed. After comparing five different endogenous genes (GAPDH, B2M, β–Actin, TBP and HPRT), B2M and GAPDH were considered as the suitable reference genes. The expression of LincRNA-ROR and LncRNA-SOX2OT genes was evaluated in gastric samples. Finally relative gene expression analysis was performed using GenEx5 and SPSS17 software programs. Results: Our results revealed no expression of LincRNA-ROR in both tumor and non-tumor samples. There was a borderline significant decrease in the expression of lncRNA-SOX2 in tumor samples compared to their matched pair non-tumor gastric samples (Wilcoxon test, P=0.06). However, in comparison of LncRNA-SOX2OT fold of gene expression in different grades of malignancy, no significant difference was obtained. Conclusion: Despite of reports indicating the LincRNA-ROR expression in tumor samples, in this study we didn’t detect any expression of this gene in gastric samples. So it seems that LincRNA-ROR probably doesn’t express in gastric tissues. On the other hand, regarding to the down¬regulation of LncRNA-SOX2OT in gastric tumor samples, it seems that LncRNA-SOX2OT has tumor suppressor activity. Our study suggests to evaluate the expression of candidate genes in separated gastric cancer stem cells and also in more gastric samples. It may reveal a better vision of the roles of candidate genes in gastric cancer.

Item Type: Thesis (Masters)
Keywords: LincRNA-ROR,SOX2OT, pluripotency, gastric adenocarsinoma
Subjects: QU Biochemistry. Cell Biology and Genetics > QU 300-560 Cell Biology and Genetics
Divisions: Education Vice-Chancellor Department > Faculty of Medicine > Department of Basic Science > Department of Molecular Medicine and Genetics
Number of Pages: 121
Depositing User: گ ش
URI: http://repository.zums.ac.ir/id/eprint/7751

Actions (login required)

View Item View Item