Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی زنجان

Thesis #7439

[error in script] (1396) بررسی فیلوژنتیک ایزوله های گونه های لیشمانیای بیماریزا با استفاده از تعیین توالی در چند لوکوس ژنی. پایان نامه مقطع PhD.

[img] Text
سارا نعمتی فایل کامل.pdf - Published Version
Restricted to Repository staff only

Download (5MB)
[img] Text
سارا نعمتی.pdf - Published Version

Download (1MB)

Persian Abstract

مقدمه: لیشمانیازیس، از بیماری‌های انگلی مهم و اندمیک در بسیاری از نقاط جهان از جمله ایران است. این بیماری از نظر بالینی و دیگر خصوصیات دارای تنوع است که با تنوع عوامل انگلی آن مرتبط است. اطلاعات جامعی از تفاوت های ژنتیکی انگل‌های عامل لیشمانیازیس در ایران وجود ندارد. لذا، تشابه و تفاوت ژنتیکی ایزوله های مختلف از گونه‌های لیشمانیای ایران با استفاده از روش MLST و آنالیز فیلوژنی (تبارزایی) مورد بررسی قرار گرفت. روش بررسي: تعداد 41 ایزوله از 4 گونه لیشمانیا‌های بیماریزای انسان، لیشمانیای سگ و جوندگان از کانون‌های مختلف لیشمانیای ایران و 3 نمونه از اتباع خارجی جمع آوری و به روش MLST با استفاده از 5 لوکوس ژنی: شامل GP63, G6PDH, Lack, Nagt, hsp70 آنالیز شدند. این ژن‌ها با PCR تکثیر و سپس تعیین توالی شدند و در نهایت تمامی اطلاعات مربوط به توالی نمونه‌ها با استفاده از نرم افزارهای اختصاصی تبارزایی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و تنوع درون گونه ای و بین گونه ای ایزوله های گونه های مختلف مورد بررسی قرار گرفت. نتايج: جمعاً تعداد 5179 جفت باز از هر ایزوله آنالیز گردید. ژن G6PDH دارای بالاترین جایگاه پلی مورف بود، بالاترین تعداد هاپلوتایپ در ژن (10G6PDH (n=، و پس از آن در ژن های (8n=) Nagtو (8 Lack (n=دیده شد. از لحاظ تبارزایی، سه ژن Nagt، Lack و G6PDH توپولوژی بهتری را نسبت به ژن های hsp70 و GP63 دارا می‌باشند. از 44 ایزوله، 22 هاپلوتایپ یا ST شناسایی شد. لیشمانیا تروپیکا دارای بالاترین تعداد هاپلوتایپ (12=n) در مقایسه با لیشمانیا ماژور (8=n) و لیشمانیا اینفانتوم (1=n) و لیشمانیا تورانیکا (1=n) بود. در ارزیابی شاخص سیمپسون، آنالیز توالی مجموع لوکوس ها (روش MLST)، دارای بالاترین شاخص (99/0) یا بیشترین تنوع بود و به دنبال آن آنالیز توالی ژن های Nagt و G6PDH دارای شاخص بالا و ژن Gp63 دارای کمترین شاخص تنوع بود. نتيجه گيري و پيشنهادات: هر پنج لوکوس سبب تمایز ایزوله های لیشمانیای ایران در سطح گونه شد که نشان دهنده حفاظت شدگی این ژن‌ها در انگل لیشمانیا می‌باشد. نتایج حاصل، اطلاعات مولکولی بیشتری را در مورد تاریخ تکاملی ایزوله‌های لیشمانیا‌ها‌ی ایران فراهم می‌کند. همچنین مطالعه نشان داد که روش MLST برای بررسی اپیدمیولوژی و تنوع ژنتیکی انگل لیشمانیا کاربردی می باشد

Title

Phylogenetic study of pathogenic isolates of Leishmania species by the multilocus sequence typing

Abstract

Background: Leishmaniasis is of the important parasitic diseases which is endemic in many parts of the world, including Iran. The clinical manifestation of the disease varies, depending upon the diversity of causative parasites. No comprehensive information is available about the genetic variation of Leishmania spp in Iran. Hence, the genetic similarity and diversity of different Leishmania isolates from Iran were studied using multilocus sequence typing (MLST) and phylogenetic analysis. Methods: Forty-one isolates from human, canine, and rodents from different endemic foci of Iran and 3 non-Iranian isolates were analyzed using MLST including GP63, G6PDH, Lack, Nagt and hsp70 genes. The targets were sequenced following PCR amplification. Finally, the products of the isolates were subjected to the phylogenetic analysis, applying the specific softwares, and inter- and intra-species diversity of the Leishmania isolates were investigated. Results: A total of 5179 bp was analyzed from each isolate. The G6PDH gene showed the highest polymorphic positions. The number of haplotypes was more frequent in genes G6PDH (n=10) followed by Nagt and Lack (n = 8 for each). The three targets, Nagt, Lack, and G6PDH, generated better topology than the hsp70 and gp63 genes. Of the 44 isolates, 22 haplotypes (or ST) were identified. Leishmania tropica contained the highest number of haplotypes (n=12) compare to L. major (n=8), L. infantum and L. turanica (n =1 for each). Evaluation of the Simpson index showed the highest index (0.99)/ diversity in MLST method followed by Nagt and G6PDH genes; the Gp63 gene showed the lowest diversity index. Conclusion: All five genomic loci caused separation of Iranian Leishmania species at the species level, indicating conservation of these genes in the Leishmania parasite. The results provided more molecular information about the evolutionary history of Iranian Leishmania isolates. The study also confirmed that MLST is a suitable method to examine genetic variation of the Leishmania parasites with respect to evolutionary and epidemiological studies.

Item Type: Thesis (PhD)
Keywords: Leishmania, Phylogeny, MLST, Iran
Subjects: WM Psychiatry > WM 475-611 Other Disorders
Divisions: Education Vice-Chancellor Department > Faculty of Medicine > Departments of Clinical Sciences > Department of Psychiatric
Number of Pages: 197
Depositing User: گ ش
URI: http://repository.zums.ac.ir/id/eprint/7439

Actions (login required)

View Item View Item